Un movimiento separatista está poniendo en peligro la unidad de la República, y cientos de planetas ya se unieron a él. E incluso el joven corazón del talentoso aprendiz de jedi Anakin Skywalker se ve sacudido por la intranquilidad.
Con el paso del tiempo Obi-Wan Kenobi se ha convertido en todo un maestro Jedi, y su poder está en pleno apogeo, mientras que Anakin es ahora un joven Padawan de 19 años.
Después del intento de asesinato sufrido por la senadora Amidala, quien renunció a su puesto como Reina de Naboo para dedicarse únicamente a la República, el Maestro Yoda decide enviar a los dos Jedis para que descubran todo lo que puedan sobre el asunto. Pero los caminos de Anakin y Obi-Wan se separan, ya que el joven es enviado a proteger a la senadora, mientras que el segundo tendrá que investigar todo lo referente con el intento de asesinato en un planeta llamado Kamino.
Mientras tanto, Obi-Wan descubre la conspiración secreta que un ex Jedi llamado Conde Dooku está llevando a cabo para terminar con la República. Con un ejército de clones, liderados por el temible Jango Fett, pretende imponer su orden en el universo, a la vez que atraer definitivamente a Anakin hacia el Lado Oscuro de La Fuerza.