Mientras los agentes especiales siguen con su premisa de evitar que los humanos descubran que están rodeados de alienígenas e intentan que éstos hagan el menor daño posible, surge en la Tierra una terrible amenaza con la aparición de un extraterrestre llamado Seerlena, a través del cual mucha basura alienígena podría llegar al planeta, aniquilando así a la raza humana. Y si bien los Hombres de Negro son los más calificados para resolver el conflicot, alguna cosas no son como antes.
Ahora, el agente Jay se encuentra de nuevo sólo en su trabajo, pero ya totalmente convertido en un experto en lo que a materia extraterrestre se refiere. Desde que Kay dejó el trabajo, tiene un nuevo compañero llamado Tee, pero éste demuestra no ser todo lo eficiente que se esperaba.
Es por eso que ante la nueva amenaza, no queda más remedio que recuperar a Kay y devolverle sus antiguas memorias para que regrese al trabajo.