En una excavación en el centro de Jerusalén, una arqueóloga de 30 años llamada Sharon Golban (Olivia Williams), descubre el esqueleto de un hombre que ha sido crucificado y enterrado con un disco que le proclama "Rey de los judios". Parece que es Jesús, pero se supone que Jesús ascendió al cielo sin dejar rastro en la Tierra.
Sharon informa a Mendel Hirsch, el Ministro de Asuntos Religiosos para Israel, sobre su descubrimiento. Conciente de que la noticia produciría un gran impacto en el mundo Cristiano, no cuenta nada y contacta al Vaticano. Las autoridades católicas necesitan un hombre fiable y devoto para comandar una investigación, y eligen al Padre Matt Gutiérrez (Antonio Banderas), un jesuita y profesor de Historia.
Mientras Gutiérrez es convencido por el propio Papa para aceptar la misión, la misma ha sido captada por un joven líder Palestino terrorista Abu Silwan. A todo esto, a Sharon le disgusta el secretismo del proyecto, pero en seguida se hace amiga de Matt.
El esqueleto tiene una cicatriz en la frente y su costado esta perforado, como si lo hubieran hecho con una lanza. Sharon esta convencida, pero Matt es más escéptico. El cree que tendrán más posibilidades con el carbono y el disco de metal enterrado con el cuerpo para saber la antigüedad del mismo. Pero como Sharon y Matt dejan en la excavación el disco, un grupo de judíos ortodoxos asaltan y roban el disco.
Después de negociar, el grupo devuelve el disco con la condición de que todo quede como está y no se mueva del sitio, pues es una ofensa para Dios. Sharon y Matt aceptan de mala gana, mientras un forense es llamado para examinar los restos. A partir de allí, surgen una serie de pruebas que hacen pensar que el cuerpo es del propio Jesús, algo que podría modificar la base de la religión más profesada del mundo.