En la película hace aparición Mewtwo, una creación genética salida de los laboratorios de la isla Mew que rápidamente se convertirá en el más poderoso de estos extraños seres llamados Pokémons. A partir de allí, los más chicos pueden vivir las desventuras de este violento bichito, que intenta encontrar un lugar en el mundo tras escapar de los laboratorios en los que fue creado para servir de “conejillo de Indias”. Lógicamente, no faltan los reconocibles héroes; Satoshi, Kasumi, Takeshi y Pikachu, quienes serán convocados a la isla con el secreto propósito de entrenar a este Pokémon rebelde, enseñándole a vivir entre sus pares.