Esta es la historia de cuatro residentes del zoo de Nueva York que prefieren quedarse sordos a oír la llamada de la selva. Alex, el león, es el rey de la jungla urbana y la principal atracción del zoológico de la Gran Manzana. Marty la cebra, Melman la jirafa y Gloria la hipopótamo, han pasado toda la vida en cómodo cautiverio, comiendo hasta la saciedad y con vistas al parque. Pero Marty no puede resistir la curiosidad, y con la ayuda de unos pingüinos prodigiosos, se escapa para explorar el mundo desconocido. Alex, Melman y Gloria, deciden salir en su busca antes de que alguien se dé cuenta de su desaparición. Alex, Melman y Gloria acaban encontrando a Marty en la estación de Grand Central, pero unos humanos llenos de buena voluntad les duermen, capturan, meten en cajas y embarcan para África con la intención de alejarles del estrés de la vida en Nueva York. Como los pingüinos siguen haciendo de las suyas y sabotean el barco, Alex, Marty, Melman y Gloria acaban naufragando en la exótica isla de Madagascar. Los cuatro neoyorquinos no tienen más remedio que ingeniárselas para sobrevivir en la selva.